李登輝心中的「台獨」工程，第一順位是想交由「中國國民黨」來執行，因為民進黨「獨」的色彩太強烈，透過中國國民黨「從堡壘內部瓦解堡壘」，更能達到摧毀「中國法統」的效果。
因此連戰本是他屬意的傀儡，但陳水扁聲勢太強，民進黨主打反對他一手造成的「黑金」而當選。李登輝搖身一變，竟又從「黑金之父」變成民進黨尊崇的「台灣之父」，再創台灣團結聯盟，逼陳水扁只能繼續走獨，實則就是藉此掌控陳水扁。
蔡英文則是他一手養大的乾女兒，先是讓她任國民黨政府的官僚，為他起草兩國論，後來在陳水扁下台、各派互不相讓下蹭得民進黨主席之位，民進黨多少犧牲奉獻的革命前輩，都不如李登輝、蔡英文這對台獨父女，李登輝等同也操縱了民進黨。
至於宋楚瑜、馬英九兩個國民黨出身的外省人，也都被他「新台灣人」的魔咒牢牢壓住。正如李登輝當年所言，孫悟空逃不出如來佛的五指山，「新台灣人」正是提醒宋、馬，你們本是「外來族群」，只有「認同台灣」，才能成為「新台灣人」。至於何謂「認同台灣」，只能由他這個「台灣之父」認證。
從陳水扁、馬英九到蔡英文，其實都是「李登輝路線」的遵循者。李登輝自己曾在創建台聯時說過，「李登輝路線」就是要讓台灣兩個主要政黨，通通都要「認同台灣」才能當選，而所謂「認同台灣」，無非是以「多元文化」掩蓋「去中國化」，以「民主自由」包裝「法理台獨」。從現在國民黨對他的各種溢美之詞來看，他的所謂「李登輝路線」的確是成功了，不管是哪個黨執政，都只是綠色李登輝或藍色李登輝在輪替。那麼，按他的計畫，當這樣的「李登輝路線」成功，便可開始啟動「公投制憲」，相信他的嫡傳女兒蔡英文必會完成他的遺志，最終也就由獨促統，如同他自稱「我是不是我的我」，實現他老早預言的「二十一世紀中國人必將完成國家統一的歷史大業」。
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