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《Nature》越來越嘩眾取寵，常考慮「爭議性」多於科學價值。
【落伍遺傳學，粒線體不能這樣用！】
這個論文上週發表在 Nature 以後，引發一批人類演化學家一陣劣評，我覺得很有道理。我看完這個研究自己發的新聞稿，覺得講法非常落伍，再看論文覺得，天啊這群人是認真的嗎？她們寫自己論文的同時，有讀過別人的作品，稍微跟上現在的趨勢嗎？
《改寫智人物種起源：時間從30萬年前起、地點涵蓋整個非洲》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/217178517
用粒線體差異，研究人類的演化遺傳史，從 1980 年代起引起重視，也是支持智人非洲起源的有力證據。
然而，粒線體只是一小部分的遺傳，在定序基因組，甚至是古代基因組的技術都成熟以後，分析粒線體當然還是有其價值，也有基因組不可取代的角色，可是不該過度解讀。
這個論文，做出很糟糕的示範。簡單說，這個論文獲得 198 位南非人的粒線體 DNA，大部分型號屬於「L0」旗下。
粒線體單倍群 L0 之所以重要，是因為這是目前仍然存在，最早與其他人分家的單倍群，可以讓我們一瞥古早智人支系的樣貌。
取得非洲人的遺傳樣本很不容易，材料難得，大概是 Nature 接受這個投稿的原因。然而，這個論文的分析與論述方式，彷彿 20 年前的手筆。
《智人哪裡來－非洲多地起源論？》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/222284913
論文估計 L0 旗下，各衍生型號的分家年代，然後對應到現代的地理分佈，按照各型號的誕生年代，推論古早智人的遷徙路線與年代。
按照論文的講法，最初的 L0 能追溯到非洲南部，現在很乾燥，但是古時候是濕地區的 Makgadikgadi–Okavango；智人 20 萬年前就在那兒誕生，延續約 7 萬年；接著隨氣候變化向外遷徙，有人先向東北，有人後往西南。
除惹最基本的，粒線體不等於人體以外，這個論文的問題還有不少，很適合作為負面教材。另一項基本問題是，一個型號現在在這裡，幾十萬年前也會在同樣的位置嗎？
粒線體本身是單一遺傳標記，有一定的消失機率，也容易被情慾交流後的另一群人取代；西班牙胡瑟裂谷，43 萬年前的尼安德塔人，粒線體卻比較像是丹尼索瓦人就是明證。
現代粒線體型號的分佈，到底能不能代表古代族群，其實沒人知道。這個論文研究的，又是相當稀有的型號，我猜這方面問題只會更大。
有些遺傳學者認為，像是粒線體、Y染色體、特定基因版本等等單一標記，只適合研究比較短期，單純的遺傳史，不適合用來追溯長期，牽涉複雜情慾流動的演化史，我覺得非常有道理。
還有一個問題是，論文混用惹一個概念：解剖學上的現代人，英文是 anatomically modern human，簡稱 AMH。
AMH 是現在流行的講法，因為智人 Homo sapiens 嚴格說起來，有「物種」的定義，但是人類何時變成「智人」，非常有爭議，因此許多人改用 AMH，意思大概就是「我的意思是指智人，但是不想涉及物種爭議」。
然而，粒線體DNA 是遺傳概念，AMH 是型態概念，兩者沒有直接關係。論文卻好像直接把 AMH，描述為配備 L0 粒線體衍生型號，現在的智人祖先。
我覺得這樣講問題很大，事實上沒有人知道，一位配備 L0 的古早人類，究竟是不是 AMH。完全也有可能，所謂 AMH 的多數型態，是其他族群發展出來，後來又跟配備 L0 的女生合體，才形成現在的狀況。
一個論文中有這些疏漏，若是發表在XXOO期刊，沒有太多人會讀到也就算惹，但是發表在 Nature，那就難怪人類演化界多有負評惹。
BTW，《基因：人類最親密的歷史》這本書中，也來惹一段類似的人類原鄉、遷徙路線描述，暴露出作者對人類演化領域，不太在行的弱點。
我覺得論文作者解釋再多也沒意義，她們就是這樣寫的：「非洲南部 20 萬年前的某處，是智人的原鄉」。但是此一論點絕對是錯誤的，有項很簡單的證據反駁：智人現存最早分家的 Y染色體，目前位於西非。
假如你自己做研究，獲得稀有材料，寫出來的論文，不妨試試投稿 Nature 吧！
論文：
https://www.nature.com/articles/s41586-019-1714-1
新聞稿：
https://www.eurekalert.org/pub_releases/…/giom-tho102319.php
新聞：
https://www.sciencemag.org/…/experts-question-study-claimin…
