對於動保團體關心的毛孩保護及管理議題，澎湖因地小居民少，寵物繁殖買賣的商業行為較少，目前登記的特定寵物業計4家，主要經營內容為寵物美容，用品販賣和寄宿，兼有仲介買賣小狗的業務，管理單位對業者均依規定勤加稽查，以防止不當的犬隻買賣行為。
在落實寵物登記管理方面，本府對業者至少每季都會察查1次以上，103年查核22次；104年查核13次；並要求販賣業者必需將小狗繁殖來源場詳細資料公告在營業展示場所，使得狗兒的繁殖資訊公開受到政府管理也受到消費者監督，避免非法繁殖衍生丟棄和未完備寵物登記管理行為。
本府辦理寵物登記管理不遺力，配合海空交通進出管理的規則，加強寵物登記追蹤，103年完成辦理寵物登記的頭數為482頭；104年620頭；105年第一季就完成111頭。因民眾多純僕鮮少有惡意棄養行為，偶有走失遊盪被捕捉情節，依規定自收容所領回需支付每日200元之飼養管理費，為避免因收容時間過久，費用過高一般民眾付擔不起索性不領回，反而失去狗兒回到原主人家的路；故本縣最高的收取費用是10天2000元，目的就在於支持收容犬隻能找到回家的路，同時也可提高認領養率，減少安樂死的執行。
在認養方面，除了原已開設的收容所網路資訊平台，將適合領養的犬貓照片刋登供愛心人士閱覽詢問領養，另外自105年起，擴大民眾參訪認領養服務，收容所每個月偶數週的星期六也對外開放，以擴大上班族群能前往參觀認養，3月份單月犬隻的送養給一般民眾數就有39隻，而捕捉數也只有90隻，成效逐漸呈現。
安樂死的執行，其實本縣目前極少執行安樂死，除非收容犬隻重病難以治癒，否則均會持續收容，對於106年1月22日修法後的零安樂死新規定，1本府除持續加強推動結紮工作，市區家犬結紮手術費用補助、偏鄉辦理政府全額付擔之免費結紮活動，以達全面推廣生育控制之目的，另已積極規劃現有收容所的整建和增建，新的收容所面積及設備，均考慮人性化，擴大收容量能和品質；同時對收容的人力、軟體內容都一併檢討增加管理經費。
TNR(捕捉，結紮，野放)的議題上，本縣居民村里聚落接壤緊密，未必有足夠地理空間容納多增加的野生動物（犬貓），因而本府採自然開放少干涉的態度，同時尊重社區居民共識，如如有人在鼓虎井貓島，若社區有此共識，本府將予以協助。
至於爭議更大之TNVR(加上狂犬病疫苗注射)議題，中央政府動物防疫機關的狂犬病防疫政策尚未能同意此措施，在於考量野放後之動物隔年(下一次)無法保證能捉回來補打疫苗，則完全失去免疫原理和防疫意義，狂犬病防堵的效率完全破滅。因此，推行此一理念更需嚴格謹慎，本縣現階段尚未進行。
對於其他動保政見，本府刻正進行寵物公園－寵物活動區的興建，佔地約0.3公頃，將可增加人與動物的親近互動，建立愛心詳和的友善社會。
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