細個果陣,A level bio 鄒sir 教 DNA RNA 果陣大半班瞓咗,我就仲剩返少少,先睇得明。
實實在在想想自己讀書時學過什麼,應是面對往後日子重要的事。
有人因為我早前就有關全民測試帖文,向民政署作出投訴,說我發佈「假新聞」。
首先,我不是傳媒工作者,亦沒有經營媒體;說我是發佈新聞,實在貽笑大方。如果投訴人不懂怎樣分辯News, Facts及Opinion,請收聽上星期日《903國民教育》的重溫。
我在電郵中,花了一些時間向民政專員講解《個人資料私隱條例》在保障生物資料如何薄弱。翌日,我看見政府公佈了計劃詳情,當中提及測試相關的私隱問題。而我便將以下的生物學概念,用英文在電郵中向民政專員詳細闡述一次。
#武漢肺炎 的測試叫「核酸檢測」,是因為你身體的DNA、RNA及病毒的RNA都是nucleic acids,即是中文「核酸」。
特區港府在其「全民測試」網站中提到關於DNA樣本的問題,「抽取樣本及檢測病毒核糖核酸(RNA)的過程會涉及測試者的細胞及其中的核糖核酸(RNA)⋯⋯因此檢測過程不會收集到任何關於測試者的脫氧核糖核酸(DNA)資料。」
以我僅餘有限的預科生物學知識,都察覺到看見當中的問題。假如你不懂又或者忘記了生物堂教授過的細胞知識,Google 一下吧。
雙鏈的DNA 是會經過 RNA Polymerase 產生單鏈pre-mRNA(信使核糖核酸)。而經過完整的Transcription (轉錄)過程後就會產生 mature mRNA。而mRNA 會被 rRNA+protein 的 Ribosome 做Translation,而tRNA就會將 mRNA 鏈中的RNA排序,帶着相對的Amino Acid 往Ribosome去,從而製造一條peptide chain 出來。而條chain 再加長下去,就是protein了。
如果都是不明白,可以參考這條2分鐘短片 https://www.youtube.com/watch?v=1THyMOk3WU0
於1970年,科學家 David Baltimore 及 Howard Temin 發現RNA病毒的酶(酵素)能夠在受感染的細胞「反轉錄」成互補DNA (cDNA) ,推翻當時生物學中心法則(Central Dogma)。該發現令他們獲得1975年諾貝爾醫學獎,並改變了生物醫學的研究方向。現在的HIV抑制藥物,就是基於該發現而研發出來。
亦即是說, RNA 是可以被反轉錄成cDNA,即是一段反映特定時間「已呈現」的DNA。Reverse Transcription 更亦是時時刻刻在身體中出現,是細胞複制DNA維持健康的過程。更甚的是,Reverse Transcription ( 反轉錄)已經是很商業化的實驗,Google 一下便看到會提供相關服務的公司多不勝數。
就算「全民測試」的試劑只牽涉到測試者RNA,現時亦可以透過Reverse Transcription收集到DNA資料,更不要說FAQ中說測試會涉及細胞、細胞、細胞(因為很重要所以要講三次)了。
武漢肺炎的冠狀病毒,是RNA病毒。如果用測試劑可以只留下樣本的病毒RNA,那當然無須過份擔心。但不幸的是,暫時應該未有大廠能夠做到只提取RNA病毒的試劑 。 所以一牽涉試劑,都會是抽取RNA,不管是人、是動物抑或病毒,都是一樣。
至於如果不用抽取RNA,但仍然沿用RT-PCR 的方法去驗一個人是否確診是否可行?答案是可以的。有韓國醫學科技公司研發了不用抽取RNA都可以化驗到武肺病毒在「反轉錄」的技術(http://www.seegene.com/…/complete_solution_for_the_covid_19…)。 醫學文獻更顯示測試的效率亦有80% (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7204723/)。瑞典亦有公司提供相關服務( https://www.reiniuslab.com/Home )。
既然有更加尊重私隱減少疑慮的技術,為何林鄭港府都不用,偏偏受到港人質疑要用中國技術?這個,就留待你解答了。
抽rna 轉 cdna 在 皮筋兒 Journey Facebook 的最佳貼文
很多提倡普篩的人,執著在普篩全部都去做PCR不就好了嗎!?
這樣的人大概根本搞不懂PCR跟Real time PCR的原理。
簡單說明一下,PCR要用檢體抽取的DNA當作模板 ,但若這檢體是單股DNA(RNA) ,那就要先反轉成cDNA才能當模板。然後準備一個已知病毒其中一個片段,這次應該是用表面抗原,這個片段就很像釣竿,在大海(基因河中)去抓出專一性的結合,再用聚合酶連鎖反應去增幅擴大這個基因片段,之後用核酸電泳膠確認片段位置大小是否正確,再切下膠分離萃取作基因定序。
而Real time PCR叫做即時PCR ,你要準備一個已知病毒樣品作不同梯度稀釋當作standard curve ,並設定閾值在電腦分析,可是這個稀釋梯度跟操作人員精準度很有關啊啊,耗時又費力。
加上這種人傳人檢體,實驗室規格要求更嚴謹,檢測人員也有要求...而且並不是百分之百,也有偽陽的情況,就是顯示陽性,可是你的對照組跟standard curve標準曲線不準確就不能當作參考。
其實啊不管檢測結果怎樣,你要一個一個篩檢都很耗費人力,無論你要快篩或慢慢篩。
但病毒的特性大家都沒想清楚,病毒在宿主停留,目的就是吸收宿主資源,然後當作跳板擴散出去,散播病毒,趕在免疫細胞把病毒殺死以前趕快完成任務。
所以其實就是直接阻斷人傳人接觸更省錢省事的讓病毒的願望掰掰。
不要再吵怎樣檢驗了,嘴這些的人大多都沒進過實驗室啦😂
管你要在隔離期間怎樣追劇,總之乖乖的一個人待著好嗎?不要讓病毒有機會出去人傳人。
抽rna 轉 cdna 在 Re: [問題] 將mRNA轉成cDNA - biotech - PTT職涯區 的推薦與評價
抽RNA 買invitrogen的Trizol 2.轉cDNA 很多廠商都有出套組照protocol來就好了妳的狀況應該要用random hexamer來合成cDNA 很多kit裡面都是附有兩種primer oligo dT ... ... <看更多>
抽rna 轉 cdna 在 [求救] 如何提升RNA提取質量 - PTT 熱門文章Hito 的推薦與評價
每次收集下來的RNA我都固定溶於10ul DEPC water,所有樣品固定使用1ml Trizol進行 ... 由於RNA轉成cDNA需要5ug,已連續3次出現整體RNA質量不足的情況,目前想不出哪些 ... ... <看更多>
抽rna 轉 cdna 在 [求救] 放大cDNA的一些問題- 看板Biotech - 批踢踢實業坊 的推薦與評價
因為最近要幫老師做專題遇到了一些問題...
有蠻多不懂的地方想請教一下板友
就是該實驗最後要用real time PCR 去定量看gene的表現量
而事前要將抽RNA後轉成cDNA 再拿cDNA去做real time
我們實驗室是用Trizol去抽...
照理說抽出來的應該是細胞內所有的RNA (包含mRNA rRNA)
而後用OligodT去轉cDNA ←應該是所有細胞中的mRNA都會被轉成cDNA對吧?
之後就將cDNA拿去用待測gene的primer去夾用PCR放大
因為目前還不知道要挑哪些gene出來測
所以我們BOSS是說
先把RNA抽出送去做PCR array再從中挑幾個用real time去檢測是否符合
我們BOSS說每個濃度只要做一管轉成cDNA就好
之後的real time都可以用那管去做
我的疑問是...今天待測基因約有5個
而且要做3重複 如果都從那管有整個細胞的mRNA轉成的cDNA取出 應該會不夠
那如果要將該管cDNA用PCR放大
那primer要怎麼辦? 因為你不知道那管cDNA的組成 那你要怎麼去放大全部的片段?
還有一個問題...就是我可以先把加藥處理完的細胞都抽RNA轉成cDNA
那以後就可以不用再養細胞 而只要從那管cDNA去做就好 這樣嗎 ??
這是第一次做PCR所以有很都不懂的地方...請大家幫忙看一下是否觀念有錯
謝謝^^
--
◤ ▂◎▅◎▂ ◆◆ ▲▲ ◥
◢◤◥◥ ◣ ◆◆ ◢◥◤◥◣ ◣東方project系列
▋> <◢▋ ◆◆ ▋◣ ◢ ▍  ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄
▌▄▄▄◤▎ ◆◆ ◆◆ ◥◣▄▄▄◢◤ 持續推廣ing
▼| |▼ ◆◆ ◥  ̄██>◥◤
◣ ▲▆▲ 少女受虐中... ◆◆ ◤ ▼◥ ψ涼宮 域 gbwind ◢
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 114.39.3.19
※ 編輯: wayne841503 來自: 114.39.3.19 (01/30 00:18)
關於這實驗的設計是用同樣濃度的藥物不同的處理時間
來看藥物對細胞的傷害
有做了2hr 12hr 24hr三個時間點 每個時間點都有一個negative control
要去看不同的處理時間中 所選出的5個基因表現量是否與PCR array的趨勢相同
就拿2hr的來說好了...一管是有加藥 另一管是沒加藥
拿加藥那管來看 去抽RNA 所抽出來的不是total RNA嗎? 之後再用oligodT去轉cDNA
所轉出的應該是total mRNA吧?
也就是說那管cDNA中包含著
1.因藥物處理導致A gene表現產生的mRNA (先把待測gene當成A) 所反轉成的cDNA
2.原本就存在的mRNA 經反轉成的cDNA
是這樣嗎??
如果是的話...因為到時候可能要測到5個gene
我是怕先前抽的mRNA轉成cDNA後那管的量不夠用來測5個gene
之後是設計A gene的primer 拿去跑real time
用sybr green 去測A gene與housekeeping的表現量 來做相對定量
在去比較有加藥與未加藥兩管中 A gene是否有明顯上升這邊還有個疑問...剛剛去查了
RT-PCR
它可以把mRNA轉成cDNA ←但這不是ssDNA嗎?
還有protocal上 RT-PCR不像一般的PCR有denature→annealing→elongation 循環放大
那該不會一條A gene所產生的mRNA 只會轉成1條cDNA吧?
2條mRNA就轉出2條cDNA
那這樣的cDNA數不就等於你當時加下去RT-PCR前的mRNA量?
這邊看了protocal與資料後還是不懂...
如果是這樣的話我抽出RNA的total濃度約2ug/ul 260/280=1.93 共約30ul而已(每管)
那之後轉成cDNA不就也是那些量而已?
也就是說我到時候要養到5盤cell 轉5管cDNA 再分別拿去跑real time測各gene表現量這
樣嗎? ←BOSS跟我說只要每個時間點抽一管就可以測5個 但我不太懂他的意思
我一直覺得一管才20~30ul又要做到5個gene會不夠
麻煩幫我看一下...是不是我有想錯哪部分或是哪部分觀念有誤
目前一直卡在這邊轉不過=口=
拜託了> <
※ 編輯: wayne841503 來自: 114.39.10.71 (01/30 16:11)
※ 編輯: wayne841503 來自: 114.39.10.71 (01/30 16:12)
... <看更多>