喔喔喔~編編還是第一次聽到體學分析(Omics Analysis)呢~
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同時也有1部Youtube影片，追蹤數超過3萬的網紅[email protected]，也在其Youtube影片中提到，癌症治理 - 精準醫學 (Precision Medicine) 及次世代定序 (Next Generation Sequencing - NGS) － 李宇聰臨床腫瘤科專科醫生＠FindDoc.com FindDoc Facebook : https://www.facebook.com/Fin...
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#lung #cancer #tw #omics
Integrative Proteomic Characterization of Human Lung Adenocarcinoma 2020
https://www.sciencedirect.com/…/a…/abs/pii/S0092867420306760
Proteogenomic Characterization Reveals Therapeutic Vulnerabilities in Lung Adenocarcinoma 2020
https://www.sciencedirect.com/…/artic…/pii/S0092867420307443
Proteogenomics of Non-smoking Lung Cancer in East Asia Delineates Molecular Signatures of Pathogenesis and Progression 2020
https://www.sciencedirect.com/…/artic…/pii/S0092867420307431
肺癌傳統被認為與吸菸畫上等號，不過，臺灣的不吸菸肺癌患者卻比吸菸者多。中央研究院化學研究所陳玉如所長、中研院楊泮池院士與跨單位研究團隊以蛋白基因體技術建立臺灣早期肺癌病人的多體學大數據，找到不吸菸肺癌患者可能的致病機制。研究主要有三個發現，首先是肺癌和人體體內APOBEC突變特徵的高低、其次與致癌物的曝露有關；最後更發現一個從未被發現的新亞型肺癌，及其致癌基因突變的差異，有助早期發現臨床潛在的高風險肺癌患者。
研究主持人陳玉如表示，「這是東亞第一套結合深度多體學大數據及完整臨床資料，深度解析不吸菸肺癌成因的研究成果」，也是美國臨床蛋白基因體學腫瘤分析聯盟（CPTAC）首次和國際聯盟團隊（臺灣）攜手合作，以蛋白基因體學揭開臺灣及美國病人肺癌生物學的面紗。臺美二個獨立成果於今（2020）年7月9日同步發表在國際頂尖期刊《細胞》《Cell》上，並共同榮登本期雜誌封面。
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這個計劃太偉大了，把所有細胞染色，拍完圖後一一變成3D地圖
有神快拜
【集眾人之力：最新細胞次結構地圖】
科學的發展，不是只有一些表面看起來光鮮亮麗的計畫主持人在鎂光燈下的登高一呼，或是某些新聞上聳動騙點閱率的標題，在每篇論文的背後，都有著一群研究員、碩博生、研究助理和行政人員的努力。有時這些努力導致了改寫生物課本的重大發現，有時則是在某個領域的小小突破，有些則只是依樣畫葫蘆。在這些努力之外，還有一種努力是建立資料庫，以幫助其他科學家的研究，這種努力雖然不一定能直接導致科學進步，但仍然值得嘉許。登在 2017 年五月的 Science 上，一個由瑞典最大的學術基金會 Knut and Alice Wallenberg 基金會所資助、由瑞典幾個主要學術單位和英國劍橋大學所發起的計劃，就是這樣的努力。
雖然現在各種體學（omics）因為技術的進步有顯著的發展，但是對於蛋白質在哺乳類細胞內的分佈圖，也只有小鼠幹細胞、HeLa細胞、大鼠肝細胞等較為完整，而和人類疾病研究直接相關的人類細胞，卻是殘缺不全。有感於此，這些學術單位在 2003 年開始了這個稱做人類蛋白質地圖（The Human Protein Atlas）的計劃，歷時十多年完成，其中包含了組織地圖（The Tissue Atlas）[1]、細胞地圖（The Cell Atlas）[2] 與病理學地圖（The Pathology Atlas）[3]。
為了建構完整的細胞地圖，研究者使用了高達 13,993 種抗體、22 種人類細胞株，以螢光免疫法（immunofluorescence）將細胞染色，以高解析共軛焦顯微鏡（high-resolution confocal microscopy）拍攝細胞後，輔以質譜儀得到的蛋白體學資料、轉錄體學和系統生物學資料，最後將 12,003 種蛋白質在人類細胞中的分佈精準地定位。他們將細胞內的13個主要胞器，分為 30 個構造與次級結構，在資料庫中，只消輕點滑鼠便能看到目標蛋白質在不同次級結構的分佈狀況。
這樣一個龐大的計劃，人力需求自是不在話下。尤其拍攝後的顯微照片，必須加上註解，以區分不同的胞器與細胞區域，雖然電腦可以幫助辨認，但最終還是需要人工核對。這樣一個簡單的工作，對研究者來說肯定是個極其枯燥且浪費人力的苦差事，但他們和大型多人線上（MMO）遊戲「星戰前夜（EVE online）」與 MMO 科學（MMOS）平台合作，將這樣的註解工作融入星戰前夜的劇情，使玩家在充滿成就感的科幻遊戲體驗中，同時幫助科學的進展，這種模式屬於公民科學（Citizen Science）。光是計劃上線的前六週，參與的玩家就完成了相當於這群科學家 163 年的工作量，效果令人驚奇，最終細胞地圖得以順利上線 [4]。
以往研究者在找尋蛋白質相關資料時，多使用 NCBI 資料庫 [5] 或 UniProt 資料庫 [6] 來研究細胞內的蛋白質分佈、序列等，這個計劃的完成，讓研究者又多了一個高品質的人類蛋白質資料庫可供分析。此外，野心更大的人類細胞地圖（Human Cell Atlas） 計劃，欲辨識並定位人類全身上下的細胞，於去年10月在倫敦宣佈，且讓我們拭目以待。
參考資料：
1. https://goo.gl/BCte9T
2. https://goo.gl/2EWN4Q
3. https://goo.gl/TBB2Nk
4. https://goo.gl/ng9BuV
5. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/
6. http://www.uniprot.org/
影片來源：https://www.proteinatlas.org/humancell
依照 Attribution-ShareAlike 3.0 Unported (CC BY-SA 3.0) 轉載
撰文│紀威佑
審稿│李其育
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（一）甚麼是「精準醫學」(Precision Medicine)? 00:01
（二）甚麼是次世代定序分析 Next Generation Sequencing (NGS)? 00:57
（三）次世代定序分析 Next Generation Sequencing (NGS) 在癌症治療中擔當甚麼角色? 01:58
（四）在治療肺癌上，會如何應用次世代定序分析 (NGS) ? 02:38
（五）為甚麼次世代定序分析 (NGS) 仍未被廣泛使用? 03:41
(本短片作健康教育之用，並不可取代任何醫療診斷或治療。治療成效因人而異，如有疑問，請向專業醫療人士諮詢。)
參考資料：
1. K. Ferryman, M.Pitcans. What is Precision Medicine: 2018 Contemporary Issues and Concerns Primer. Data & Society
2. G. Casey, D. Conti, R. Haile, D. Duggan. Next generation sequencing and a new era of medicine. Gut 2013; 62:920-932.
3. F. Randy Vogenberg, CI. Barash, M. Pursel. Personalised Medicine Part 1: Evolution and Development into Theranostics. (2010). Pharmacy and Therapeutics. 35(10):560-562, 565-567, 576
4. https://www.cancer.gov/about-cancer/treatment/types/precision-medicine (Assessed on 28 March 2019)
5. S. Ari, M.Arikan. Next-Generation Sequencing: Advantages, Disadvantages, and Future. 2016. Plant Omics: Trends and Applications pp109-135
6. https://www.welgene.com.tw/service/ngs/NGS_overview (Assessed on 1 March 2019)
7. http://163.21.2.100/a004/htm/8/hgp.htm (Assessed on 1 March 2019)
8. Oncogenic driver mutations in lung cancer, Luo, S. Y., & Lam, D. C. (2013). Oncogenic driver mutations in lung cancer. Translational respiratory medicine, 1(1), 6.
9. 原发性肺癌诊疗规范 2018
10. Emmet JJ, et al. Cancer Discov 2017;7:596-609
11. https://www.esmo.org/Guidelines/Lung-and-Chest-Tumours/Metastatic-Non-Small-Cell-Lung-Cancer (Assessed on 1 March)
12. https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/pdf/nscl_blocks.pdf (Assessed on 1 March 2019)
資料來源：https://www.FindDoc.com
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