【兩種蜂長很像,嗅覺受器不一樣】
終於可以來寫這個惹。同一物種的分家、新物種形成,是重要的演化議題。這個論文調查兩種有接觸機會的蘭花蜂,發現它們之所以不太會情慾交流,與費洛蒙有關。
《非洲三個大湖坦干伊加湖、馬拉威湖、維多利亞湖,竟然有1200種慈鯛》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/223326150
兩種蘭花蜂(orchid bees)住在中美洲,一種叫 Euglossa dilemma,另一種叫 Euglossa viridissima,為求簡單,之後就簡稱為 D蜂和 V蜂。
D蜂住在中美洲比較南方之處(圖中藍色勢力),V蜂住的比較北方(圖中綠色勢力),不過中間兩種都有。論文定序 232 位男生的基因組,發現 D蜂遺傳上可以分為兩大祖源,V 蜂則是由其中一群衍生而成的新物種。兩者分家估計有 15 萬年。
蘭花蜂由環境中取得原料,生產費洛蒙,以氣味交流。論文用汽相層析—質譜儀(GC-MS),蒐集 384 位男生的費洛蒙,發現有兩種費洛蒙差異最明顯。
一種費洛蒙 HNDB(2-hydroxy-6-nona-1,3-dienyl-benzaldehyde)只有 D蜂在用,另一種 L97(linoleic acid lactone-derivative)則是專屬於 V蜂。也就是說,兩種蘭花蜂,各自有一種自己物種專用的費洛蒙。
《促進情慾流動的果蠅費洛蒙,竟然也能讓人類有反應!?──2018搞笑諾貝爾生物學獎》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/222503844
比較兩種蘭花蜂整個基因組的差異,論文發現有些遺傳變異,只存在於一種,不太存在另一種;這可能是導致它們差異的來源。
有意思的是,所有差異明顯區域的基因,都屬於嗅覺受器(olfactory receptor,簡稱 OR);總共 18 個,D蜂有 14 個,V蜂 4 個。
昆蟲的味覺受器 OR,一大作用是接收費洛蒙起反應。這批基因中,OR41 的差異最明顯,V 蜂的 OR41 應該是祖先款,D 蜂的是衍生款;兩者間在 DNA 層次上有 19 處差異,高達 17 處差異會導致氨基酸改變,所以兩種蘭花蜂的 OR41 基因差別不小。
各位看得懂 dN/dS 這個數值的話,V蜂的 OR41 是 0.3,D蜂高達 16.1,實在是非常高,意謂此一基因在 D蜂的新突變,有不少被保留下來。
論文想要了解 OR41 實際的功能,於是用果蠅當材料測試。結果 V蜂版 OR41 辨識分子時,並沒有對哪種成分有專一性;相對地,D蜂版 OR41 對 HNDB 非常敏感。
如前所述,HNDB 是專屬於 D蜂,V蜂沒有的費洛蒙。D蜂衍生版的 OR41 對 HNDB 特別敏感,看來是 D蜂與 V蜂差異明顯的分化。
論文推論,此一基因的差異,會影響兩種蘭花蜂的情慾交流,是導致兩者分家的關鍵。
這邊有點可惜的是,論文沒有釐清 D蜂衍生版 OR41 的演化史。假如它誕生的年代比兩種蜂分家更古早,它就有可能是導致物種分化,D蜂從 V蜂家族中脫離的起因;若是它在兩者分家以後才逐漸形成,就與物種分化無關,而是維持兩者保持分家,不再融合的因素之一。
不過,還是個很有意思的物種分化研究,大家拍拍手 👏👏
論文:
https://www.nature.com/articles/s41467-019-14162-6
新聞稿:
https://www.eurekalert.org/pub_releases/…/uoc-\-\asg011320.php
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🤦🏻♂️🤦🏻♂️🤦🏻♂️
《Nature》越來越嘩眾取寵,常考慮「爭議性」多於科學價值。
【落伍遺傳學,粒線體不能這樣用!】
這個論文上週發表在 Nature 以後,引發一批人類演化學家一陣劣評,我覺得很有道理。我看完這個研究自己發的新聞稿,覺得講法非常落伍,再看論文覺得,天啊這群人是認真的嗎?她們寫自己論文的同時,有讀過別人的作品,稍微跟上現在的趨勢嗎?
《改寫智人物種起源:時間從30萬年前起、地點涵蓋整個非洲》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/217178517
用粒線體差異,研究人類的演化遺傳史,從 1980 年代起引起重視,也是支持智人非洲起源的有力證據。
然而,粒線體只是一小部分的遺傳,在定序基因組,甚至是古代基因組的技術都成熟以後,分析粒線體當然還是有其價值,也有基因組不可取代的角色,可是不該過度解讀。
這個論文,做出很糟糕的示範。簡單說,這個論文獲得 198 位南非人的粒線體 DNA,大部分型號屬於「L0」旗下。
粒線體單倍群 L0 之所以重要,是因為這是目前仍然存在,最早與其他人分家的單倍群,可以讓我們一瞥古早智人支系的樣貌。
取得非洲人的遺傳樣本很不容易,材料難得,大概是 Nature 接受這個投稿的原因。然而,這個論文的分析與論述方式,彷彿 20 年前的手筆。
《智人哪裡來-非洲多地起源論?》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/222284913
論文估計 L0 旗下,各衍生型號的分家年代,然後對應到現代的地理分佈,按照各型號的誕生年代,推論古早智人的遷徙路線與年代。
按照論文的講法,最初的 L0 能追溯到非洲南部,現在很乾燥,但是古時候是濕地區的 Makgadikgadi–Okavango;智人 20 萬年前就在那兒誕生,延續約 7 萬年;接著隨氣候變化向外遷徙,有人先向東北,有人後往西南。
除惹最基本的,粒線體不等於人體以外,這個論文的問題還有不少,很適合作為負面教材。另一項基本問題是,一個型號現在在這裡,幾十萬年前也會在同樣的位置嗎?
粒線體本身是單一遺傳標記,有一定的消失機率,也容易被情慾交流後的另一群人取代;西班牙胡瑟裂谷,43 萬年前的尼安德塔人,粒線體卻比較像是丹尼索瓦人就是明證。
現代粒線體型號的分佈,到底能不能代表古代族群,其實沒人知道。這個論文研究的,又是相當稀有的型號,我猜這方面問題只會更大。
有些遺傳學者認為,像是粒線體、Y染色體、特定基因版本等等單一標記,只適合研究比較短期,單純的遺傳史,不適合用來追溯長期,牽涉複雜情慾流動的演化史,我覺得非常有道理。
還有一個問題是,論文混用惹一個概念:解剖學上的現代人,英文是 anatomically modern human,簡稱 AMH。
AMH 是現在流行的講法,因為智人 Homo sapiens 嚴格說起來,有「物種」的定義,但是人類何時變成「智人」,非常有爭議,因此許多人改用 AMH,意思大概就是「我的意思是指智人,但是不想涉及物種爭議」。
然而,粒線體DNA 是遺傳概念,AMH 是型態概念,兩者沒有直接關係。論文卻好像直接把 AMH,描述為配備 L0 粒線體衍生型號,現在的智人祖先。
我覺得這樣講問題很大,事實上沒有人知道,一位配備 L0 的古早人類,究竟是不是 AMH。完全也有可能,所謂 AMH 的多數型態,是其他族群發展出來,後來又跟配備 L0 的女生合體,才形成現在的狀況。
一個論文中有這些疏漏,若是發表在XXOO期刊,沒有太多人會讀到也就算惹,但是發表在 Nature,那就難怪人類演化界多有負評惹。
BTW,《基因:人類最親密的歷史》這本書中,也來惹一段類似的人類原鄉、遷徙路線描述,暴露出作者對人類演化領域,不太在行的弱點。
我覺得論文作者解釋再多也沒意義,她們就是這樣寫的:「非洲南部 20 萬年前的某處,是智人的原鄉」。但是此一論點絕對是錯誤的,有項很簡單的證據反駁:智人現存最早分家的 Y染色體,目前位於西非。
假如你自己做研究,獲得稀有材料,寫出來的論文,不妨試試投稿 Nature 吧!
論文:
https://www.nature.com/articles/s41586-019-1714-1
新聞稿:
https://www.eurekalert.org/pub_releases/…/giom-tho102319.php
新聞:
https://www.sciencemag.org/…/experts-question-study-claimin…
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這篇有趣,但別只吃兔子,會 rabbit starvation
【面對致命病毒,澳洲英國法國的兔子,平行演化抵抗】
英國人 1859 年時,將原產於歐洲的穴兔引進澳洲,結果兔兔大爆發,造成生態浩劫。1950 年,澳洲施放「黏液瘤病毒(myxoma virus)」,希望能消滅不受控制的野生族群,一時殺死惹大部分兔兔。🐰🐰
《滅蚊有望?大溪地用細菌消滅蚊子》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/217967964
世界另一邊,1952 年時,法國也對兔兔使用病毒,隔年致命病毒傳入英國,前幾年滅兔效果都類似澳洲;不過就像許多「生物防治」的案例,三個地方的兔兔,幾年後數量都再度復甦。
現在認為,病毒對兔兔的傷殺力之所以不如以往,是由於兔兔演化出對病毒的抵抗力;另一方面,病毒也變弱惹,不再那麼容易殺死宿主,增加自己的存活機率!
經歷病毒的考驗,活下來的兔兔和以前有什麼差別?這個論文,蒐集惹大批樣本,探討病毒肆虐以後,兔兔遺傳上有哪些改變。
論文主要定序兔兔基因組上,會轉錄為蛋白質的基因位置 exome,一共 19293 個基因,以及粒線體,還有 3 段免疫基因 MHC 周圍的區域。取得樣本有:
法國:古兔 29 隻,現代兔 26 隻。
英國:古兔 29 隻,現代兔 25 隻。(包括一件達爾文的標本🐰)
澳洲:古兔 17 隻,現代兔 26 隻。
歷史上,歐洲的穴兔(Oryctolagus cuniculus)原產於西南歐,主要是法國、西班牙一帶,13 世紀引進英格蘭,1859 年後,又從英國被帶到澳洲。
由樣本間的遺傳差異看來,兔兔老家法國的族群,遺傳多樣性最大,而源自英國的澳洲族群,兩者彼此更加接近,符合兔兔的傳播歷史。
《小王子能馴服狐狸嗎?一場歷經近60年的銀狐馴化實驗》
https://neanderthaldna.pixnet.net/blog/post/222468279
黏液瘤病毒,本來感染美洲的棉尾兔(cottontail rabbit),不會殺死宿主,碰到穴兔卻會致死。病毒一開始作用的時候,穴兔死亡率高達 99.8%,造成極為強烈的演化壓力。
3 個地方的兔兔族群,基因組上合計偵測到 193 個 DNA 變異,可能和適應有關;其中 94 個變異,同時在兩地以上出現。有意思的是,絕大部分變異,在各地兔兔碰見病毒以前,族群中就已經有個體配備惹。
由此看來,讓三處兔兔對抗病毒的遺傳變異們,大概早在 800 年前,就已經存在歐洲的族群中。這份潛力後來也被帶到英國與澳洲,等到面對相同病毒的考驗時,又分別脫穎而出。
不過,似乎不存在一個萬能基因,就足以對付病毒。和抵抗病毒有關的 DNA 變異中,只有 1% 能固定在現代族群中,因此,三處兔兔抵抗病毒時,應該都有好幾個基因一同作用。比較明顯的基因有 IFN-a21A、CD200-R、CD96、FCRL 等等。
這個研究真是各種啓發~ 🐰
論文:
http://science.sciencemag.org/…/…/2019/02/13/science.aau7285
新聞稿:
https://www.eurekalert.org/pub_re…/2019-02/uoc-drh021219.php
新聞稿:
https://www.eurekalert.org/pub_re…/2019-02/asu-hti021419.php
Science新聞:
http://www.sciencemag.org/…/seventy-years-ago-humans-unleas…
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之後的課程還會在講有關PHP與MYSQL連解方面的課程,
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