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我們先來定義一下「XX病毒株」是什麼意思
以南非病毒株為例 主要有3個在Spike(棘蛋白)上
分別是 K417N E484K N501Y
這個的意思是
在第417個位置上 K變成了N
在第484個位置上 E變成了K
在第501個位置上 N變成了Y
人們發現帶有這三個位置變異的病毒株採集到的比例越來越高
因此將有這三個特徵的病毒株取一個名字
因此 這只是其中一個「分支」
但這並不代表 所有叫南非病毒株的病毒
都只有這三個突變
在南非病毒株這個大分支下
還有很多小分支
分別帶有 L18F, D80A, D215G, R246I, A701V
其中我記得我當初分析的時候
D215G 和 R246I 是互斥的
因為是不同的小分支 各自演化出來的變異
這表示 如果今天分別採集到病毒
其中一隻帶有 主要的 K417N, E484K, N501Y
則 我們會將他歸類為 南非病毒株
而如果採集到的兩隻南非病毒株
一隻有 D215G， 另一隻則有 R246I
那麼!!!
因為這兩個突變是互斥的
表示他們分別是來自不同的小分支
因此就知道是不同的感染途徑
如果 都是南非珠 而且也都有 D215G
那麼光看這裡可以猜測來源一樣
而且要注意的是
這邊還只看Spike一個蛋白質而已唷!
這個基因佔全部序列只不過15%左右
全部基因一起看會有更多不同的變異特徵
像是Orf1ab(另一個蛋白質)有 T265I, K1655N, H2799Y ..... 以下省略
何況這裡只列出 比例多的 且 改變功能的
當我們實務上在比較基因時
還會看到每一隻病毒 多多少少都會差一兩個位置
(全長大概30000，只要有一個位置不一樣都可以看得出來)
就跟每個人的長相有差一樣 XDDDD
小結論1: XX病毒株只是某一個分支的代號，並不表示全部完全一樣
小結論2: 病毒或多或少都會差一兩個位置，因此要「完全一樣」不是那麼容易
要是不同的感染源，又要一樣基因，機率更低，低到可以忽略不考慮。
那麼 到底怎麼看傳染順序呢?
因此假設今天有一個病人身上採集到 AATAAAAAAA
被他傳染的採集到 AATAAAAAAA
因為在第三個位置都是T 所以很有可能就是被第一個病人感染的
之後的病毒會繼續繼承第三個位置的T
但自己也會有一些不一樣
像是可能會變成 AATAAACAAA
那麼我們因為先看到了T 就會知道大概是同一條途徑的
所以在與 參考序列(最早期的病毒序列)比較後
我們可以繪製出關係圖如下
https://i.imgur.com/BaNBixs.png
https://i.imgur.com/wSJliRa.png
(加上序列方便大家比較)
從這裡可以看到 Seq1 與 Seq2完全一樣 (在同一個線上，沒有往外長)
而Seq3則是從Seq1與Seq2演化出來的 (在同一個分支內，但是樹枝往外長)
只要我們有了這個關係圖
再加上 發病日期、採集時間 等等
就可以大致上知道傳染的順序
所以並不是看是不是都是英國株 或者都是南非株
就知道是不是同一個感染源
我們會去詳細看到底改變了那些位置
並結合時間、地理資訊等等 才會做出是不是同一個感染源的結論
